2 ans après la libération de Vecta par le capitaine Jan Templar, l'ISA décide de mettre fin à la guerre par une opération armée sur Helghan cherchant a extraire le dictateur Scolar Visari, puis à le juger publiquement. Visari, au courant de l'invasion, décide de donner carte blanche pour défendre Helghan à son protecteur et leader favori, le colonel Mael Radec. Fin stratège, Radec va mettre en place une défense extrêmement bien organisée. En effet, a l'arrivée des troupes de l'ISA, celles-ci se font littéralement massacrer. Cependant, contre toute attente, l'unité Alpha, dirigée par le commandant Narville et les sergents Sevchenko et Velasquez, réussit à se frayer un chemin à travers la planète...